من أركان الطريقة الأساسية للنقشبندية ختم الخواجكان، وهذا الختم من بدع الأذكار، التي اخترعها الأعاجم، بدلًا عن الأذكار النبوية ، ينقسم الختم إلى قسمين: ختم صغير وختم كبير فالصغير إن كان عدد الحضور أقل من أحد عشر رجلًا، والكبير ما كان أكثر من ذلك. يختلف الختم الصغير عن الكبير ببعض الأذكار، ففي الأول يكتفي الذاكرين بـ (يا باقي أنت الباقي) أما الثاني فتقرأ الفاتحة سبع مرات عن يمين القائم بالختمة في البداية، وسبع مرات في النهاية عن شماله وسورة الإخلاص بعدد الحصى البالغ مائة حصاة ، ينوّه بذكرها عشر مرات إمام الختمة والقائم عليها، وتشترك الختمتان بقراءة السلسلة المباركة ، وهي الزبدة وبيت القصيد .
محظورات الختمة: يحضر عمل الختمة بوجود غرباء عن النقشبندية، كما يحظر على الذاكرين فتح عيونهم أثناء الختمة كي لا يصابوا بالعمى ؟
آدابها: الجلسة الشهيرة للنقشبندية ، وهي عكس التورك في الصلاة ، واستحضار صورة الشيخ وقد سلّط نوره على قلب الذاكر، كما يستحضر صورة كل شيخ يذكر في السلسلة المباركة مع طلب المدد من كل شيخ .تبدأ الختمة بقول القائم عليها استغفر الله، وتنتهي بالسلسلة المباركة ، وإليك نصها: الحمد لله رب العالمين الحمد لله حق حمده والصلاة والسلام على خير خلقه محمد وعلى أله وصحبه أجمعين اللهم أوصل ثواب هذه الختمة الشريفة بعد القبول منا بالفضل والكرم هدية إلى روضة منبع الصدق والصفا أشرف الورى سيدنا محمد المصطفى - صلى الله عليه وسلم - كل من آله وأولاده وأصحابه وذرياته أجمعين .كل من السادات سلسلة الطريقة العلية النقشبندية والقادرية والسهر وردية والكبروية والجشتية .