وكانت الدولة السلجوقية أبرز الدويلات الإسلامية ، فقد امتد سلطانها على خراسان وفارس والحجاز والشام و العراق دار الخلافة .

وشهد هذا القرن السادس موجات من النزاع المتكرر بين الخليفة وبين هذه الإمارات ، مع أن أكثر هذه الإمارات كانت تخطب باسم الخليفة ، وتعلن له الولاء .

ومن هذه الأحداث:

في سنة ( 516 ) يقع قتال بين الخليفة المسترشد وبين دبيس بن صدقة صاحب الحِلة .

وفي سنة ( 519 ) يعود دبيس ومعه السلطان طغرل السلجوقي ليأخذا بغداد من الخليفة فينزل الله مطرًا كثيرًا فتتفرق جموعهم .

في سنة ( 520 ) يدخل السلطان محمود السلجوقي في بغداد على الخليفة فيقع بينهما القتال ، فتثور العامة مع الخليفة حتى وقع الصلح .

في سنة ( 529 ) يقع القتال الشديد بين الخليفة المسترشد و السلطان محمود السلجوقي فيؤسر الخليفة ، وتنهب الأموال ، فيضج العامة حتى إنهم كسروا المنابر وامتنعوا من حضور الجماعات ، وانتشرت الفتنة الداخلية في الأقاليم بسبب أسر الخليفة ، فيكتب السلطان سنجر السلجوقي إلى ابن أخيه محمود يحذره من مغبة هذا الفعل الشنيع ، ويأمره أن يعيد الخليفة إلى مكانه ، فامتثل محمود رأي عمه ، وأخرج الخليفة وأكرمه وأعد له احتفالًا ، وأركبه فرسًا وأمسك هو بلجام الفرس ، وقبل الأرض بين يديه ، فرضي الخليفة المسترشد وانقضت الفتنة .

في سنة ( 530 ) يقع الخلاف بين الخليفة الراشد والسلطان مسعود ، فيقوم السلطان مسعود بخلع الخليفة واستدعاء عمه المقتفي ومبايعته بالخلافة .

وفي سنة ( 541 ) يقع خلاف بين الخليفة المقتفي وبين السلطان مسعود ، فيأمر الخليفة بإغلاف الجوامع والمساجد ثلاثة أيام ، فأغلقت حتى اصطلح الخليفة و السلطان .

في سنة ( 551 ) يطلب السلطان محمد بن محمود السلجوقي من الخليفة أن يخطب ببغداد فيرفض الخليفة ، فيحاصره السلطان بغداد شهرين ، وتقاتل العامة مع الخليفة قتالًا شديدًا .

ثانيًا ) الحروب والخلافات الداخلية: