كانت الجامعات العربية تدرس علوم الدين إلى جانب علوم الدنيا، فكانت المواد التي تدرس في الأزهر إلى جانب علوم الدين واللغة إحدى عشرة (11) مادة هي الحساب والميقات والجبر وأسباب الأمراض وعلاماتها وعلاجاتها والهندسة والهيئة ( أي الفلك) وعلم المواليد الثلاثة: الحيوان والنبات والمعادن (وهو ما يسمى في عصرنا بالتاريخ الطبيعي) والجغرافيا والتاريخ .
ويذكر ابن رضوان في كتابه"النافع في كيفية تعليم صناعة الطب"إن دراسة الطب كانت تستغرق ثلاث سنوات فيدرس الطالب في البداية ما نسميه، اليوم بالمرحلة الإعدادية أو العلوم ا الأساسية كالحساب والهندسة والمنطق"ثم يواصل في دراسته الطب النظري فيقرأ اثني عشر كتابًا لإ بقراط وتسعة، لجالينوس وكتاب الحشائش لديوسقوريدس ثم ظهرت المؤلفات الإسلامية العلمية فحلت كتب الرازي وابن سينا وابن البيطار وابن الهيثم مكان الكتب الإغريقية المترجمة وجميع المواد العلمية والتطبيقية كان الطالب يمارسها تحت إشراف أساتذته من ذلك فحص المرضى"والتجارب المعملية.
الزى الجامعي.
كان للجامعات الإسلامية تقاليد وتنظيم دقيق سبقت به أحدث الجامعات العصرية.. فكان للطلاب زى موحد خاص بهم وللأساتذة زى خاص وربما اختلف الزى من بلد إلي بلد ومن عصر إلي عصر ولكنه كان في الأزهر عمامة وجبة وطيلسان وقد أخذ الأوربيون عن المسلمين الروب الجامعي المعمول به الآن في جامعاتهم.
وكان الخلفاء والوزراء إذا أرادوا زيارة الجامعة يخلعون زى الإمارة والوزارة ويلبسون زى الجامعة قبل دخولها..
الطلاب ونظام التعليم: