وقد أخذ الصراع بين السلطة والأحزاب الدينية, بعدًا طائفيًا بعد تنفيذ حكم الإعدام في الإمام محمد باقر الصدر الإمام المقلد لعموم الشيعة, وعدد آخر من رجال الدين الشيعة من عائلة الإمام الحكيم التي تحظى باحترام ونفوذ واسع بين شيعة العراق, وكان طبيعيًا في ظل هذه الأوضاع أن تحظى هذه الأحزاب العراقية الاسلامية بالاهتمام والرعاية من قبل الثورة والدولة الإيرانية الاسلامية فضلًا عن مساندتها للأحزاب الكردية العراقية والتيارات الدينية الاسلامية الكردية.

وقد ظنت بعض أطراف المعارضة العراقية أن الوضع في إيران لا يختلف عن باقي الحكومات والدول التي استطاعت المعارضة سابقًا التقرب بسهولة وإقامة علاقات معها أو خداعها واختراقها بشكل من الأشكال, ولكن أثبت الإيرانيون أنهم محنكون, فقد وضعوا مقاييس واعتبارات شديدة ودقيقة وصارمة تحدد نوع العلاقة التي يمكن أن تقيمها إيران مع هذا الطرف أو ذلك.

وكان التقسيم الإيراني يوزع الأحزاب والكتل السياسية إلى أحزاب إسلامية وأخرى علمانية, ولكن على الرغم من ذلك نجح بعض العراقيين من رموز المعارضة في انجاز بعض الصفقات الخاصة ببيع النفط العراقي أو المساعدة في تنفيذ بعض صفقات السلاح لإيران والحصول على العمولات عنها في الخارج.