وفي حوار مع مجلة فلسطين المسلمة عدد شهر فبراير عام 2004م أكد د.شلح أن علاقة حركته بحركة حماس هي علاقة ممتازة بفضل الله، وأن التعاون والتنسيق بين الحركتين هو في أفضل حالاته في هذه المرحلة، موضحًا أن هناك أسبابًا كثيرة لهذا التعاون، بينها ما يرجع إلى التقارب والانسجام الفكري والعقائدي بين الحركتين، ومنها ما تفرضه ميدانيًا ضراوة المعركة مع العدو الصهيوني.

ورغم ذلك فإن تصريحات أخرى صادرة عن د.شلح تشي بالعكس والنقيض، حيث يؤكد د.شلح في ذات الحوار المنشور على موقع نداء القدس الإلكتروني أن الوحدة مع حماس هدف مثالي للجميع، لكن عندما يتعذر الوصول له لأسباب كثيرة يمكن تجزئة المسألة ليكون لدينا مستويات نأخذ منها ما استطعنا من الوحدة والتنسيق، على قاعدة ما لا يدرك كله لا يترك جله، مضيفًا أن حركة الجهاد تمد أيديها للجميع في كل الأحوال، وأن سرايا القدس مستعدة للدخول في غرفة عمليات مشتركة تضم كل الأجنحة العسكرية، وتعمل باسم واحد مثل"المقاومة الوطنية الإسلامية"أو أي صيغة يتفق عليها الجميع.

وفي موضوع آخر من ذات الحوار، وفي إجابة له عن تساؤل حول سبب عدم تنسيق سرايا القدس مع كتائب القسام وتنسيقها مع كتائب شهداء الأقصى بصدد قضية الأشلاء الخاصة بعملية الزيتون قال د.شلح أن الإنسان عادة ينسق مع من يمد يده له، لا من يدير ظهره ويعلن أنه غير معني بقضية الأشلاء كما تناقلت وسائل الإعلام.

وفي موضع ثالث من ذات الحوار أكد د.شلح أن التنسيق مع كتائب شهداء الأقصى قد بدأ في وقت مبكر من انتفاضة الأقصى، خاصة في جنين، وأن التركيز على التنسيق مع كتائب شهداء الأقصى يهدف إلى تعزيز الخط الكفاحي، ودعم خيار المقاومة لدى قواعد حركة فتح في مواجهة خيار آخر يريد أن يحول أبناء فتح وأبناء الشعب الفلسطيني إلى حراس لأمن"إسرائيل".