4 -عدم وجود بعض الفهارس لبعض الكتب: وهذا قليل لكنه موجود، إما لعدم خدمة الكتاب أصلا وإما سقوطا من بعض النسخ وإما أنها فهارس قصيرة جدا غير شاملة.
5 -اختلاف الترتيب للكتب والأبواب تقديما وتأخيرا بين المذاهب الأربعة: ثم بين أصحاب المذهب نفسه، فمثلا: اختلاف مذاهب الفقهاء في الترتيب:
• كتاب الجهاد يذكره المالكية بعد الحج بعد والنذور، ثم يذكرون بعده النكاح، ثم بعد عدة أبواب كتاب البيوع.
وعند الحنفية: الجهاد بعد كتاب الحدود ثم بعد عدة أبواب كتاب البيع.
وعند الشافعية: الجهاد بعد كتاب الحدود ثم بعده القضاء، أما البيوع فتأتي بعد الحج.
وعند الحنابلة: الجهاد بعد الحج، ثم البيوع ثم بعد عدة أبواب النكاح.
أما مثال اختلاف أصحاب المذاهب الواحد:
كتاب الجهاد عند ابن قدامة في الكافي وغير بعد الحدود والجنايات وبعده الأقضية ونحوها (ج 4/ 251) .
وهذا مخالف لما جرى عليه صاحب الإنصاف وغيره من ذكر الجهاد بعد الحج مباشرة.
وهذا الأمر يغفل عنه طالب العلم أو الباحث المبتدئ ولا يفرق بين منهج المتقدمين والمتأخرين في الترتيب بله مناهج المذاهب الأربعة والاختلاف بينها، وحتى بعض من قرأ هذه المناهج قد يغيب عنه وقد لا يستحضره أو يغيب عنه بعضه أثناء البحث.
6 -كثرة الكتب الفقهية المطولة في المذاهب الأربعة وخاصة في هذا العصر الذي ازدهرت فيه الطباعة المخطوطات وخرجت المخدرات من نفائس التراث، مع حاجة الباحث إلى اختصار الوقت.