لقد كان منتظري ومن خلال موقعه القيادي كخليفة للولي الفقيه يُستَخدَم من قِبَل جهات وتيارات متطرفة ومسطحة التفكير والوعي السياسي كانت مسيطرة ومهيمنة على جزء كبير من مكاتبه ومدارسه الدينية وحتى في منزله، واستطاعت أن تُمَرِر من خلاله الكثير من المشاريع الأيدلوجية الثورية المتصادمة مع قرار الدولة الرسمي كانت سببًا مهمًّا في تدهور العديد من العلاقات السياسية بين إيران وبين بعض الدول، كما أنها أعاقت تطبيق جملة من الإصلاحات في هرم السلطة كان يمكنه أن يبدأ على أيدي بعض رجالات الثورة، وفتح منتظري الباب لسياسات هوجاء مثل تصدير الثورة، ونقل المعركة والمد الثوري للعديد من الدول العربية، وخصوصًا دول الجوار ودول المواجهة باعتبارها دول خائنة وعميلة للشيطان الأكبر.