• أولًا: إنشاء فروع محاكم للأوقاف والمواريث في كلٍّ من المبرز لأهالي المبرز ومحكمة في القرى الشمالية وأخرى في القرى الشرقية مع بقاء الرئيسية الجعفرية في الهفوف.

• ثانيًا: وجود هيئة نظر خاصة لأبناء الشيعة وهي اللجنة التي تقوم بمعاينة الأوقاف والدعاوى والأماكن المتنازَع عليها وقد كان الشيخ باقر يباشر هذه المعاينات بنفسه.

• ثالثًا: المساعدين الذين يخفِّفون عبء المحكمة خاصة مع تشعُّبات القضايا وكثرة عددها.

وقد ضمَّن هذه المطالب في خطاب استقالته للمرَّة الثانية سنة 1405هـ عندما لم تحقق مطالبه وقد رُفضت من قِبَل أمير الأحساء محمد بن فهد الجلوي في خطاب رسمي مؤرَّخ بـ 15/9/1405هـ نظرًا لحسن أداء الشيخ وأمانته.

المرحلة الثانية: من 1405هـ إلى 1412هـ:

وهي المرحلة التي انتعشت فيه المحكمة فقد حظي الشيخ بمساندة ابنه الشيخ حسن أبوخمسين والذي كان يعالج معظم المشاكل التي تعترضه وما أشكل عليه كان يرجع فيها لوالده إضافةً إلى ابنه الآخر محمد حسين أبوخمسين وكذلك الأستاذ عبد المجيد السليمان الذي كانت له سابقة بالعمل في المحاكم وكان دور الشيخ الباقر في غالب الأحيان هو مجرَّد الإشراف على سير الأمور وذلك بسبب العارض الصحي الذي ألمَّ به في أواخر حياته وفي هذه المرحلة تمكَّن الشيخ من الحصول على مقرٍّ رسمي للمحكمة الجعفرية وعندما اطمأنَّ الشيخ من سير المحكمة قام بتقديم استقالته للمرة الثالثة سنة 1412هـ لأسباب صحية ولكن لمقام الشيخ ومكانته عُلِّقت استقالته إلى بعد وفاته أي بعد ستة أشهر من تقديمها.

من منهجه في القضاء [39] :

كان للشيخ باقر منهجه الخاص في ممارسة القضاء فهو أشبه بمدرسة قضائية تسير على أسس وقوانين ثابتة تستمدُّ منها الطرق والسبل لعلاج كل مشكلة تعترض طريقها ومن هنا كان الشيخ باقر الشخص المناسب في المكان المناسب ولعل من أهم خواص منهجه القضائي ما يلي:

1-التقسيم الموضوعي: