بعد عقد من الزمان، وانزلق البلد إلى درك الحرب الأهلية والفوضى فيها كان أمراء الحرب بنازع بعضهم بعضا على السلطة. وفي عام 1994، احتشدت مجموعة من والطلاب، اشتهرت باسم طالبان على هيئة لجان أهلية، فتولت زمام السلطة بنفسها وأخذت على عاتقها مسؤولية استعادة النظام، لكن انتهى بها المطاف أيضا إلى تشكيل نظام إسلامي صارم جدا، وحشدت حركة طالبان هذه أنصار لها في حملة مناهضة للفساد والجريمة وأمراء الحرب الكريهين. ولكن سرعان ما أضحي الطالبان» يستخدمون شاحنات بيك آب مدرعة من نوع تويوتا مجهزة برشاشات، وحولوا أنفسهم إلى ميليشيا متعصبة، وباتوا أصلب عودة وأمضى عزيمة من جراء الحرب التي خاضوا غارها ضد السوفيات، وسيطروا على قسم كبير من المناطق الواقعة جنوبي البلاد الخاضع معظمها إلى سيطرة البشتون الذين أعادوا تسمينها فجعلوا اسمها إمارة أفغانستان الإسلامية (19)

وكانت لا تزال هناك عقبة أخرى أمام «خط أنابيب عبر أفغانستان لنقل الغازه واخط أنابيب آسيا الوسطى لنقل النفط» - هذه العقبة هي العداء التاريخي بين الهند وباكستان الذي تتخلله حرب تنشب بينهما أحيانا. وكانت النية منعقدة على أن يكون هذان البلدان هما المنفذ الرئيس للغاز والنفط المتدفق من ترکمانستان. علما بان جيشي البلدين مصممان على أساس أن يقاتل أحدهما الآخر. وكان الصراع في كثير من الأحيان يبدو وشيکا بينهما.

وكانت باکستان نفسها بسياساتها المثيرة جدا للجدل تعيش حالة مستمرة من الاضطراب السياسي. وكانت أجهزة المخابرات الباكستانية ترعى حركة طالبان، من أجل تحقيق ما كانت تنظر إليه بوصفه مصالح استراتيجية لباكستان - بخاصة نضال البشتون ضد ما كانت تخشاه من قيام حكومة في كابول تهيمن عليها الهند، وأثبتت الأحداث لاحقا أن هذا كان خطأ بالمقاييس التاريخية. وذلك لأن القاعدة وحركة طالبان المشتركة في كل من أفغانستان و پاکستان تحدينا بعد عقد ونصف العقد شرعية باكستان ذاتها بوصفها دولة، وسعينا إلى زعزعة استقرارها والانقلاب عليها واستبدالها بخلافة إسلامية.