ينطلق تنظيم الجهاد من فرضيات غاية في البساطة والمباشرة المخلة بحقيقة تشابك وتعقد القضية التي يطرح، وتشكل الكراسة البسيطة التي وضعها محمد عبد السلام فرج بعنوان: (الفريضة الغائبة الاطار الفكري والمرجعي للتنظيم، وقد طبع من هذا الكتيب خمسمائة نسخة وزعت علي اعضاء التنظيم والمهتمين، ويعتبر الكتيب دستورة يستر شد به الاعضاء. ويبدأ فرج رحمه الله بنظرة وتحليل حال الأمة» حتي ينتهي الي ضرورة الجهاده وذلك من أجل «اقامته الخلافة» كهدف نهائي للتحرك. ويختلف فکر تنظيم الجهاد الحركي كثيرا عن فكر جماعة الاخوان الحركة الأم لكل التنظيمات الاسلامية الناشطة في مصر) كما يختلف عن فصائل اخري منشفة أيضا عن الإخوان كجماعة (التفكير والهجرة) مثلا، فبينما يري (الجهاد) أن مصدر الفساد يتركز في النظام السياسي الحاكم وليس في المجتمع، تري (التكفير والهجرة) أن المجتمع كله ج حکامة و محکومين به هو (مجتمع جاهلي) لاينفع معه الترميم، بل لابد من الانقضاض عليه واجتثاثه من أساسه بعد أعداد العدة لذلك، ولا يكون الامل خلال (الهجرة) ثم (الفتح)