-في أوائل عام 1967 ترأس شامير"معهد شيلواح SHILOAH للدراسات الشرق أوسطية والأفريقية"، الذي يتبع جامعة تل أبيب، وهو معهد يهتم بإجراء دراسات حول مايسمى بـ"أوضاع الشرق الأوسط"، وحول التطورات التي يشهدها الوطن العربي بشكل أساس، ويستعين لهذه الغاية بجميع الأعداد اليومية لأكثر من مائتي صحيفة تصدر في الأقطار العربية وبعض الدول المجاورة لها.

ويذكر أنّ"معهد شيلواح"حصل على كثير من الوثائق المهمّة، وصوّر غالبية المواد البحثية العائدة"لمركز الأبحاث الفلسطيني" (مركز أبحاث منظمة التحرير الفلسطينية) بعد أن اقتحمته القوات (الإسرائيلية) إبان غزو لبنان عام 1982، ونقلت موجوداته إلى فلسطين المحتلة.

وكان شيمون شامير يشرف على دائرة مصر في المعهد المذكور (11) ، قبل انتدابه لرئاسة"المركز الأكاديمي الإسرائيلي بالقاهرة"، حيث يعدّ من أبرز الخبراء (الإسرائيليين) بشؤون مصر، وهو مؤسّس قسم تاريخ مصر المعاصر بجامعة تل أبيب، إضافة إلى ارتباطه المعروف بدوائر الموساد (12) .

-استمرت فترة إدارته للمركز ثلاث سنوات، انتهت في تشرين الأول، أكتوبر 1984 وعاونته في أداء مهمته قرينُته"دانييلا شامير".

-نُشرت له بحوث ودراسات كثيرة من بينها: تاريخ العرب الحديث في الشرق الأوسط، مصر تحت حكم السادات، رؤى الذات من منظور تاريخي لمصر و (إسرائيل) (بالاشتراك مع مجموعة باحثين إسرائيليين) . وعمل أستاذًا زائرًا في جامعات هارفارد وبنسلفانيا وكورنيل. وقد شارك في وضع التصوّر (الإسرائيلي) "لمعاهدة السلام"مع مصر وإخراجها من جبهة المواجهة المباشرة مع العدوّ.