ففي عام 2004 قامت سرية الشهيد محمد عطا بعملية استشهادية قتلت فيها اربعة امريكيين في سوق خان الخليلي السياحي بالقاهرة واستشهد حسن رأفت بشندي منفذ العملية.

و في 30 ابريل 2004 قامت سرية الشهيد عبدالله عزام بقيادة الشهيد ايهاب يسين بقتل ثلاثة من اليهود امام المتحف المصري واستشهد منفذ العملية بعد مطاردة مع قوات الامن المصرية و في عملية اخرى في نفس اليوم في منطقة مصر القديمة قامت الاختين الشهيدتين نجاة يسين و ايمان ابراهيم بفتح النيران على باص سياحي قبل ان تقوم الشرطة بقتلهما.

في 6 اكتوبر 2004 قامت سرية الشهيد عبدالله عزام بتفجير فندق هليتون طابا بسيناء واسفرت العمليه عن هلاک 35 يهويا وجرح اكثر من 250 اخرين.

في يوليو 2005 قامت كتيبة الشهيد عبدالله عزام بثلاث عمليات في منطقة شرم الشيخ السياحية اسفرت عن هلاك 88 من اليهود و الصليبيين.

وفي يونيو 2006 قام ثلاثة من المجاهدين بتفجير المنتجع السياحي في منطقة دهب بسيناء ويعد يومين قام اثنين من لاستشهاديين بعمليتين على القوات الصليبية في سيناء.

وفي اغسطس 2006 أعلن ابوجهاد محمد خليل حسن الحكايمة _ احد مؤسسي الجماعة الاسلامية في مدينة اسوان _ انضمام (الثابتين على العهد) و مجموعة كبيرة من الجماعة الاسلامية للعمل مع تنظيم القاعدة صفا واحدًا ضد العدوان الصهيوصليبي وعلى رأس المجموعة الشيخ محمد الاسلامبولي شقيق خالد الاسلامبولي ورئيس مجلس شورى الجماعة الاسلامية سابقا مما أثار الهلع في الاوساط الامنية والقيادات التاريخية للجماعة على حد سواء كان نتيجة هذا الهلع السماح لرئيس الجماعة ونائبه الشيخ كرم زهدي و الشيخ ناجح ابراهيم بالظهور في التلفزيون المصري وبصفتهما الرسمية في الجماعة المحظورة حسب القانون المصري فقط من أجل القيام بالرد على أفكار ومنهج تنظيم القاعدة ثم السماح للجماعة بالقيام بحملة اعلامية للافراج عن الشيخ عمر عبد الرحمن المسجون في احدى السجون الامريكية.