-ألّف / كتبًا نافعة. وهذه الكتب منها المطبوع، ومنها ما لم يُطبَع، وبعضها لا نعلم عنها شيئًا. منها:
• الاعتصام (وهو موضوع هذا التهذيب) .
• الموافقات في أصول الفقه، وركَّزَ فيه على حِكَم الشريعة وأسرارها وأسرار التكليف.
• الإفادات والإنشادات، وهو عبارة عن فوائد وطرف ومُلَح وإنشادات نقلها الإمام الشاطبي / عن بعض شيوخه، وعن بعض من التقى بهم من العلماء.
• كتاب المجالس شرح فيه كتاب البيوع من صحيح البخاري.
• شرْح على الخلاصة في النحو.
• عنوان الاتفاق في علم الاشتقاق.
• فتاوى الإمام الشاطبي: وهذا الكتاب لم يؤلِّفه الشاطبي، وإنما جمعه الدكتور محمد أبو الأجفان من كتب مخطوطة ومطبوعة للشاطبي. وقد بلغت هذه الفتاوى ستين فتوى في الفقه والحديث والعقيدة ومسائل البدع.