توفي ابن عاشر رحمه الله عن عمر يناهز الخمسين سنة، إثر إصابته بمرض مفاجئ يسمى على لسان العامة بـ: «النقطة» ، وهو داء عصبي يؤدي إلى الشلل الكلي، وقيل: مات مسمومًا بسبب سم وضع له في نوار الياسمين، وذلك يوم الخميس 3 ذي الحجة عام 1040هـ/الموافق لـ 3 يوليوز 1631م، ودفن من الغد بأعلى مطرح الجنة، بقرب مصلى باب فتوح بفاس، وبني عليه قوس معروف غرب روضة يوسف الفاسي، بجوار السادات المنجوريين.
مصادر ترجمته:
الدر الثمين والمورد المعين لمحمد ميارة
صفوة من انتشر من أخبار صلحاء القرن الحادي عشر للصغير الإفراني
نشر المثاني للقادري
التقاط الدرر للقادري
شجرة النور الزكية لمخلوف
الفكر السامي