عمه يوسف بن إسحاق بن أبي إسحاق وسليمان التيمي وهشام بن عروة ويحيى بن سعيد
الانصاري وعبيد الله بن عمر وابن عون وعيسى بن سليمان الرستني والوليد بن كثير واسماعيل بن أبي خالد والاعمش وزكرياء بن أبي زائدة وحسين المعلم وابن أبي عروبة وابن أنعم وابن جريج وعثمان بن حكيم وعمر بن سعيد بن أبي حسين والاوزاعي وعبد الملك بن أبي سليمان وهشام بن حسان بن الغاز وأبي حيان التيمي ومعمر بن راشد وأيمن ابن نابل وحريز بن عثمان وعبد الحميد بن جعفر والثوري وشعبة وجماعة.
وعنه أبوه يونس وابنه عمرو بن عيسى وحماد بن سلمة وهو أكبر منه وموسى بن أعين والوليد بن مسلم واسماعيل بن عياش وهم من أقرانه وبقية بن الوليد وعبد الله بن وهب وعبد الله بن يوسف التنيسي وإسحاق بن راهويه ومسدد وابن المديني وابراهيم ابن موسى الفراء والحكم بن موسى وعمرو الناقد وأبو بكر بن أبي شيبة والمفضل بن صالح النخاس ومحمد بن مهران الحمال ومحمد بن عبيد بن ميمون المدني ومنصور و...ابن علي وأحمد بن جناب المصيصي واسماعيل بن ابان الوراق والفضل بن بحر ويحيى ابن أكثم وعلي بن حجر وعلي بن خشرم ومحمد بن زنبور المكي ومحمد بن سليمان لوين والحسن بن عرفة وآخرون.
قال أحمد وابو حاتم ويعقوب بن شيبة وابن خراش ثقة.
وقال عبدالله بن أحمد سألت أبي أيما أصح حديثا عيسى بن يونس أو...قلت له...عيسى أو إسرائيل قال ما أقربهما قلت ما...قال المروذي سئل يعني أحمد عن عيسى ابن يونس وأبي إسحاق وأبي معاوية أيهم أثبت فقال ما فيهم الا ثبت قيل له من تقدم قال ما فيهم...إلا أن أبا إسحاق ومكانه من الاسلام.
قال المروذي سمعت أبا عبدالله يقول الذي نخبر ان عيسى بن يونس كان سنة في الغزو وسنة في الحج وقد كان قدم...فأمر له بمال فأبى أن يقبل.
وقال علي بن عثمان بن نفيل قلت لاحمد ان أبا قتادة الحراني كان يتكلم في وكيع وعيسى ابن يونس وابن المبارك فقال من كذب أهل الصدق فهو الكذاب.
وقال الاثرم عن أحمد
كان عيسى بن يونس يسند حديث الهدية والناس يرسلونه وقال ابن معين عيسى بن يونس يسند حديثا عن هشام عن أبيه عن عائشة ان النبي صلى الله عليه وسلم كان يقبل الهدية ولا يأكل