تقع قبة الخضر في الركن الشمالي الغربي من سطح الصخرة المشرفة تجاه باب الحديد، وهي قبة صغيرة مرفوعة على ستة أعمدة تقع فوق زاوية قديمة تُسمى زاوية الخضر، ويُوحي طراز بنائها أنها من عمائر العهد العثماني.
قبة يوسف آغا ...
تقع قبة يوسف آغا بين المسجد الأقصى المسقوف والمتحف الإسلامي على بعد ثلاثين مترًا إلى الغرب من باب المغاربة، أنشأها يوسف آغا في سنة 1092 هـ، ويُعرف موضع القبة اليوم بمكتب تذاكر المسجد الأقصى.
قبة يوسف ...
تقع قبة يوسف في الناحية الجنوبية من سطح الصخرة المشرفة إلى الغرب من منبر برهان الدين، وقد أنشأ هذه القبة الحاج علي الناظر الشرعي سنة 1092 هـ.
قبة الأرواح ...
تقع قبة الأرواح في سطح الصخرة المشرفة، في الناحية الشمالية الغربية من قبة الصخرة المشرفة، يعود تاريخ إنشائها إلى ما قبل سنة 1037 هـ، تم تجديدها سنة 1997 م.
القبة المحمدية ...
تقع هذه القبة شمال غرب قبة الصخرة المشرفة في سطح الصخرة إلى الشمال من قبة المعراج وتتألف من غرفتين، إحداهما أرضية، والأخرى تحت الأرض لكل منهما محراب، وقد أنشأها محمد بك محافظ القدس سنة 1112 هـ، وتُعرف اليوم هذه القبة بمكتب المهندس المقيم على إعمار المسجد الأقصى.
قبة وإيوان محمود الثاني ...
يقع إيوان السلطان محمود الثاني في الجهة الشمالية من المسجد الأقصى إلى الجنوب من سبيل السلطان سليمان القانوني تجاه باب شرف الأنبياء، وقد أنشأ هذا الإيوان والقبة والي صيدا وطرابلس الوزير سليمان باشا واليوم يُعرف باسم إيوان السلطان محمود الثاني، وإيوان عشاق النبي.
المدارس في المسجد الأقصى
يوجد بالمسجد الأقصى البارك عدد من المدارس الإسلامية التي يعود تاريخها إلى العصرين الأيوبي والمملوكي وتمتاز هذه المدارس في أن بابها يفتح على ساحة المسجد الأقصى، فضلًا عن كونها تمتاز بنمط معماري جميل وأسلوب بناء يعكس قداسة المكان وروحانيته.
المدرسة النحوية ...