استبدل السلطان سليمان خان القانوني الفسيفساء الأثرية التي كانت تغطي المثمّن الخارجي لقبة الصخرة بالقاشاني الذي نشاهده اليوم وذلك سنة 955 هـ، وفي سنة 959 هـ، أمر السلطان سليمان خان القانوني بترميم بناء قبة الصخرة المشرفة، وفتح نوافذ جديدة في كرسي القبة من الداخل.

وفي الفترة من 971 هـ إلى 972 هـ جدّد السلطان سليمان القانوني ثلاثة من أبواب قبة الصخرة وصفّحها بقطع من النحاس، وفي سنة 980 هـ، رُكبت ستائر لأبواب قبة الصخرة من الداخل، وفي سنة 1006 هـ، فتح حاكم القدس شباكين في القسم السفلي من حائط المثمن الخارجي لقبة الصخرة المشرفة في الضلعين الجنوبي الشرقي والجنوبي الغربي.

وتوالت الترميمات في زمن العثمانيين زمن كلٍ من السلطان عبد الحميد الأول سنة 1195هـ، وزمن السلطان محمود الثاني سنة 1233 هـ، وفي زمن السلطان عبد المجيد الثاني ثم ترميم شامل لقبة الصخرة المشرفة سنة 1270هـ، وأعاد إنشاء قسم كبير من سقف التثمينة الوسطى، وتصفيح القبة وسطحها من الخارج بالصفائح الرصاصية ووضع الثريا الكبيرة بين الباب القبلي ودكة المؤذنين وذلك سنة 1291 زمن السلطان عبد العزيز، وفي زمن السلطان عبد الحميد الثاني أمر بكتابة سورة"يس"في أعلى التثمينة من الخارج وذلك سنة 1293 هـ.

المغارة ..

تقع المغارة تحت الصخرة المشرفة وينزل إليها من الناحية القبلية بأحدى عشرة درجة، وفيها محرابين كل منهما على عمودين من الرخام، يوجد أمام المحراب الأيمن موضع يقال له مقام الخضر، وإلى الشمال منه موضع يسمى باب الخليل.

المصلى المرواني ..

يقع في الركن الجنوبي الشرقي من المسجد الأقصى، ويمكن الوصول إليه عبر طريقين: الأول من خلال سلم حجري بالقرب من بئر الورقة إلى شمال شرق المسجد المسقوف، الثانية من خلال إثنين من الأقواس الشمالية للمُصلّى المرواني المجاورة للسور الشرقي للمسجد الأقصى، وتبلغ مساحة المصلى المرواني حوالي"3750"متر مربع.