مرت مشكلة جنوب السودان أو مؤامرة فصل الجنوب عن السودان بثلاث مراحل هي:مرحلة الاحتلال الإنجليزي للسودان، ومرحلة الحكومات السودانية المتعاقبة، ومرحلة الهيمنة الأمريكية والتحالف اليهودي الصليبي علي العالم.

المرحلة الأولي: مرحلة الاحتلال الإنجليزي

بدأت جذور شكلة الجنوب السوداني منذ نهاية القرن التاسع عشر وبالتحديد في عام 1899م أي بعد ثمانية عشر عاما تقريبا من هزيمة الإنجليز لأحمد عرابي واحتلال مصر ثم احتلالهم للسودان وإقامتهم فيه الحكم الثنائي (المصري البريطاني) .. فقد عمل الإنجلير منذ اليوم الأول لسيطرتهم علي السلطة الفعلية فيه علي فصل جنوب السودان عن الشمال وذلك انطلاقا من ثلاثة مباديء اعتنقها الاحتلال وعمل علي ترسيخها وتطبيقها تطبيقا حازما وهي: (أ) اتباع سياسة فرق تسد لإضعاف قوة دولة السودان علي العموم. (ب) وقف المد الإسلامي من الشمال إلي الجنوب ومنه إلي وسط أفريقيا وذلك بإنشاء حزام زنجي في الجنوب السوداني وما يجاوره من دول في الشرق والغرب والجنوب. (جـ) إتاحة الفرصة كاملة للبعثات التنصيرية للعمل المكثف بكل قوتها دون أي عقبات لنشر المسيحية في الجنوب.وقد عمل الإنجليز علي تحقيق ذلك الفصل من خلال العمل علي ثلاثة محاور وهي:المحور الأول

وقف انتشار الدين الإسلامي في الجنوب من خلال فتح المجال إلي أوسع مدي أمام البعثات التنصيرية التي جاءت من جميع الدول الأوروبية والغربية في حملة تنصيرية شرسة لاستئصال شأفة الإسلام ونشر المسيحية بين أبناء الجنوب وتقديم جميع أنواع التسهيلات والمساعدات في ذلك الشأن بما فيها تعديل موعد يوم الإجازة الأسبوعية في الجنوب من يوم الجمعة إلي يوم الأحد اقتداء بالمسيحيين الأوروبيين.المحور الثاني