ولم يقف عند هذا بل واصل في مجال خدمة العلم وتوجيه الطلاب عن طريق الإشراف على الرسائل العلمية"الماجستير والدكتوراه"وقد أشرف الشيخ على عدد من الرسائل وطبع شيء منها. وقدّم لها (1) قال الدكتور عبد الرحمن الأطرم في مقدمة رسالته للدكتوراه"الوساطة التجارية، ص 17"التي أشرف عليه فيها الشيخ بكر أبو زيد قال عنه:".. فهو الذي وضع يدي على هذا الموضوع وأشار عليّ به وأرشدني إلى جملة من مظانه وقبل الإشراف عليه بصدر رحب وكان كلما وجد مسألة تتصل بهذا البحث زودني بها، فاكتسبت من مجالسته العلم والأدب والتوجيه والإرشاد وعرفت منه النصح والغيرة فشكر الله له وأعظم أجره."

وواصل خدمته للعلم وأهله في مجال آخر وهو الإشراف على المشاريع العلمية القيّمة التي أخرجها مجمع الفقه الإسلامي، وبتمويل من مؤسسة سليمان الراجحي الخيرية - جزاهما الله خيرًا - فكان الشيخ بكر مشرفًا على تلك المشروعات ومتابعًا وموجّهًا لمن يقومون بالعناية والتحقيق لتلك المجاميع العلمية المباركة، مع التقديم والمشاركة فيها أيضًا، وقد صدر منها الآتي:

1 -"آثار شيخ الإسلام وما لحقها من أعمال"وطبع في أحد عشر مجلدًا شارك الشيخ بمؤلف يعتبر من آخر ما كتبه قبل مرضه الذي أقعده عن كثير من الأعمال، ومؤلفه ذلك سمّاه:"المداخل إلى آثار شيخ الإسلام ابن تيمية ومالحقها من أعمال"في مجلد صغير.

2 -"آثار ابن قيم الجوزية وما لحقها من أعمال"المطبوع في ثمانية عشر مجلدًا، وقد قدّم الشيخ بكر لذلك المشروع بمقدّمة ضافية مفيدة حول هذا المشروع، تهم طالب العلم كما في المجلد الأول من"بدائع الفوائد"ضمن تلك السلسلة (ص أ) .