مكتبات العالم (بحسب ما نعرفه) مثل مخطوطة العلامة ابن خلدون لباب المحصل (مختصر محصل أفكار المتقدمين والمتأخرين لفخر الدين الرازي) وهي النسخة التي كتبها ابن خلدون بخط يده سنة 752 هجرية بقلم مغربي.

وهناك علاوة على مخطوطة ابن خلدون مجموعة مخطوطات أخرى نادرة ضمن هذه المجموعة منها:

-شرح رسالة جالينوس إلى أغلوقن في التأتي لشفاء الأمراض، لعلي بن رضوان. كتبت سنة 473 هجرية.

-كتاب المقامات للحريري كتبت في حياة المؤلف سنة 483 هجرية.

-شرح فصول أبقراط، لجالينوس، ترجمة حنين بن إسحاق العبادي، كتبت سنة 494 هجرية. وغير ذلك من المخطوطات النادرة مما يضيق المقام عند ذكرها.

3 -مخطوطات معهد المخطوطات العربية بالقاهرة:

وتشتمل المجموعة الموجودة بوحدة الميكروفيلم على المخطوطات العلمية والمحفوظة بالمعهد وهي عبارة عن 180 فيلم وتشتمل على 1663 مخطوطة.

4 -مجموعة مخطوطات المكتبات الإيطالية:

وهي عبارة عن مجموعة مخطوطات مهداه من مكتبات متنوعة في إيطاليا منها مكتبات روما، ونابولي، وبارما وغيرها. وهي تتكون من 479 فيلم، تشتمل على أكثر من 576 مخطوطة كتبت بلغات مختلفة منها العربية والفارسية والسريانية والعبرية وغيرها.

5 -مجموعة مخطوطات قداسة البابا شنودة الثالث:

وهذه المجموعة قام بإهدائها قداسة البابا شنودة الثالث بطريرك الكرازة المرقسية بالإسكندرية. وهي تتكون من (16 CD) تشتمل على عدد كبير منتقى من المخطوطات القبطية النادرة، ونسخ خطية للعهدين القديم والجديد باللغتين القبطية والعربية، والتي تصل إلى 350 مخطوطة قام بجمعها أصحاب مؤسسة ماري ماركوس للتاريخ القبطي.

وبالإضافة إلى هذه المجموعات الخطية الكبرى التي تزخر بها وحدة الميكروفيلم هناك مجموعات أخرى منها مخطوطات من مكتبة الأكاديمية الملكية بقرطبة، ومخطوطات من المكتبة البلدية بقرطبة أيضا، بالإضافة إلى مخطوطات من المكتبة الوطنية الإسبانية وبعض المخطوطات من ألمانيا وغيرها.