عندما أمر الرسول صلى الله عليه وسلم المسلمين أن يهاجروا إلى الحبشة كان رضي الله عنه من أول من هاجر إليها هو وزوجته السيدة رقية، وتبعهم المسلمون بعد ذلك، وكان الهدف من الهجرة إلى الحبشة، هو تكوين نواة للمسلمين بالحبشة حتى إذا استأصلت نواة مكة يصبح للمسلمين مكانا آخر ينطلقون منه بعد ذلك.

وفي أثناء وجود المسلمين في الحبشة أشيع أن أهل مكة قد أسلموا، ورجع بعض المسلمين إلى مكة، وكان منهم عثمان بن عفان، والسيدة رقية رضي الله عنهما، ولما علم المسلمون أن تلك كانت شائعة كاذبة استقر منهم بمكة من قدمها، واستقر بالحبشة من لم يأت منها.

ثم هاجر عثمان رضي الله عنه وزوجه رقيه مع رسول الله صلى الله عليه وسلم إلى المدينة فكان صاحب الهجرتين، وقليل من الصحابة من كان كذلك، وكان رضي الله عنه ونظرا لكثرة ماله يعتق الكثير من العبيد، سواء في فترة إقامته في مكة أو المدينة، وبعد أن تولى الخلافة أيضا استمر في عتق العبيد حتى قيل:

ما مرت جمعة إلا وأعتق عثمان رضي الله عنه رقبة.

وهذا منذ أسلم حتى لقي الله تعالى، وإذا مرت جمعة دون أن يعتق رقبة لقلة مال، أو قلة رقاب أعتق في الجمعة التي تليها رقبتين.

ومن محاسنه رضي الله عنه، والتي لا تخفى على أحد أنه عندما أتى المدينة المنورة كان اليهود يتحكمون في المياه فاشترى بئر رومة على نفقته الخاصة، وحفرها، وجعلها للمسلمين، ونصيبه فيها كنصيب المسلمين، وكان النبي صلى الله عليه وسلم قد قال: مَنْ حَفَرَ بِئْرَ رُومَةَ فَلَهُ الْجَنَّةُ.