كما تختص دون غيرها بالفصل في المنازعات التي تقوم فيما بين الوزارات والجهات الحكومية المختلفة أو الاشخاص الاعتبارية العامة وبين الشركات التي تملك الدولة رأس مالها بالكامل أو فيما بين هذه الشركات كإختصاص نوعي سالب لإختصاص جهات القضاء العادي بها تخفيفا للعبء على تلك الجهات وبإعتبار ان تلك المنازعات يجمعها قاسم مشترك هو أن محلها المال العام.

كما تختص بالفعل في طلبات التحكيم التي يقدمها الأفراد او ا>لأشخاص الإعتبارية الخاصة ضد الوزارات والجهات الحكومية والهيئات والمؤسسات العامة في المنازعات التي تقوم بينهم ما لم يكن قد سبق رفع المنازعة أمام القضاء بأن كانت مطروحة على المحاكم وقت طلب التحكيم أو كان قد صدر في المنازعة حكم قضائى ولو كان ابتدائيًا ولكن ذلك لا يمنع من اتفاق ذوى الشأن على ترك الخصومة أمام القضاء والالتجاء إلى التحكيم طبقا للبند الأول من المادة الثانية .

وقد رؤي أن يكون فعل هيئة التحكيم في كافة هذه المنازعات بغير رسوم.

وبينت المادة الثالثة إجراءات قيد وعرض طلبات التحكيم على رئيس هيئة التحكيم فنصت على أن يقدر رئيس الهيئة المبلغ الذي يتعين على كل من طرفي التحكيم ايداعه إلى خزانة ادارة التحكيم تحت حساب أتعاب محكمه في حالة عدم وجود إخطار سابق من المحكم بأن هذه الأتعاب قد سويت وعلى مواعيد ايداع ذلك المبلغ وما يتبع في حالة تقاعس أي من طرفي التحكيم عن ايداعه في الموعد المحدد لذلك وهو عشرة أيام حيث أجازت للطرف الآخر في التحكيم - في حالة رغبته في الإستمرار في اجراءات التحكيم - ايداعه خلال العشرة أيام التالية لابلاغ ادارة التحكيم له بعدم ايداع خصمه للمبلغ المشار إليه.

وجاء ذلك استهداء بحكم المادة الخامسة من المرسوم بالقانون رقم40لسنة1980فى شأن تنظيم الخبرة والتي تجيز بايداع أمانة الخبير من أي من طرفي الخصومة إذا رغب في التمسك بالحكم الصادر بندب الخبير حتى يتمنى لهذا الأخير مباشرة المأمورية فإذا انقضى الميعاد المشار إليه دون ايداع المبلغ المطلوب من أي من الطرفين تعرض ادارة التحكيم طلب التحكيم على رئيس الهيئة للأمر يحفظه وبرد ما يكون قد أودع من مبالغ تحت حساب أتعاب المحكمين من أي من طرفي النزاع إليه.