بعد مقدمة تاريخية على غرار مقدمة المجلد الأول، تعرض المفهرس للحديث عن العلوم عند المسلمين ثم ذكر السبب الذي دعاه إلى تناول مخطوطاتها بالفهرسة وهو، حسب ما جاء في المقدمة، تلبية لرغبة أكاديمية المملكة المغربية، ومقررات مؤتمر الطب (21) الإسلامي الذي انعقد في الكويت في شهر يناير 1981، التي أوصت في نهاية هذا المؤتمر بتشجيع دراسة الطب الإسلامي ونشر كتبه وإنشاء منظمة إسلامية تعنى بإحياء العلوم الطبية الإسلامية في مجال التراث والبحث العلمي.

يضم مجموع الفهرس 288 كتابا يمكن حصرها في ثلاثة مواضيع:

1 -كتب الطب والصيدلة والأغذية وحفظ الصحة.

2-أراجيز ومنظومات في الطب والصيدلة.

3-البيطرة والحيوان والنبات.

من بين كتب الطب: هيولى علاج الطب (22) لحنين ابن إسحاق، وهو ترجمة من السريانية إلى العربية لكتاب المادة الطبية Materia Medica للطبيب اليوناني Dias Coridas. وتقوم الأدوية (23) ليوحنا ابن بختيشوع وكتاب الأغذية لأبي مروان ابن زهر وغيرها. ومن بين الأراجيز أرجوزة في الطب (24) لابن سينا وأرجوزة ابن عزرون في الحميات والأورام وأرجوزة الفشتالي في الطب. أما ما يخص البيطرة والفلاحة، فنذكر منها ديوان الحيوان للسيوطي (911هـ) وكتاب الفلاحة لابن بصال (ت499هـ) (25) .

وفيما يخص وصف المخطوط، فقد سلك المفهرس الطريقة الشرقية في ترتيب الحروف، فيذكر اسم المؤلف وعنوان الكتاب وكل ما يدخل فيما يسمى بالعنوان الببليوغرافي، ثم يذكر بداية ونهاية المخطوط، على غرار كشف الظنون لحاجي خليفة، ثم الزخرفة والتفسير واسم الناسخ وتاريخ النسخ، إن ذكر، ثم المسطرة والقياس وعدد الأجزاء. وختم الفهرس بأربعة كشافات:

1 -كشاف عناوين المؤلفات.

2 -كشاف الأراجيز.

3 -كشاف أسماء المؤلفين.

4 -كشاف الناسخين.