وساءت حالته الصحية في السجن وأصيب بالذبحة الصدرية ، وأصبح جسده الناحل يحمل في طياته قائمة من الأمراض ، وهو م صر على البقاء في السجن وكانت الذبحة تصيبه مرتين في الأسبوع (الذبحة تشبه الجلطة) .

وقدم الأطباء المشرفون على صحته تقارير لعبد الناصر ونصحوه قائلين: إن كان يهمك ألا يموت هذا الرجل في السجن فأخرجه لأنه معرض للموت في كل لحظة ، وماطل عبد الناصر ، ولقد تدخل المرحوم أحمد أوبلو -رئيس وزراء نيجيريا- الشمالية الذي أسلم على يديه ستمائة ألف مسلم- لإخراجه من السجن أثناء مروره بالقاهرة قبل قتله بفترة وجيزة فكذبوا على أحمد أوبلو متظاهرين بإخراجه فنقلوه إلى مستشفى القصر العيني (جامعة القاهرة) ، وكانت حالته الصحية تستدعي هذا النقل ، لأن مصحة السجن لم تعد بعلاجاتها وأدواتها البسيطة لم تعد تكفي لعلاج أمراضه.

ومكث في القصر العيني ستة أشهر وأعيد إلى مصحة ليمان طرة ، وفي نيسان سنة (1964م) أقيمت الإحتفالات بمناسبة الإنتهاء من المرحلة الأولى للسد العالي ، واستضافت مصر خريتشوف لمشاهدة الإحتفالات ، وأخرج الشيوعيون من السجون تحية لخريتشوف ، وكان عبد السلام عارف من بين الذين دعوا للمشاركة في الإحتفال ، وتلقى عبد السلام عارف برقية من مفتي العراق الشيخ أمجد الزهاوي يقول فيها: (من يشفع شفاعة حسنة يكن له نصيب منها ، فاشفع بسيد) فتوسط عبد السلام لإخراجه فأخرج الأستاذ سيد من السجن في سنة (1964م) ، ولقد عرض عليه عبد السلام أن يصحبه إلى العراق ويكون مستشاره ، ولكن الأستاذ سيد استماحه عذرا ، متعللا بصحته التي تشرف على الرحيل وتؤذن بالوداع ، ولكن السبب الحقيقي وراء اعتذاره هو الذي وض حه قائلا: (إننا بإسنادنا ولو بالآراء لوضع جاهلي ، فإننا نحكم بالإعدام على كل كتاباتنا ضد الطواغيت ، وتصبح كملتنا حبرا على أوراق) .