وصدر وعد من القصر الجمهوري ألا يحدث إعدام فيما بعد ، وجاءت محاكمة سيد قطب في الحلقة الثانية ، وكانت المحاكمة مفتوحة ويرأس محكمة الشعب فيها جمال سالم وحوله عضوان حسين الشافعي وأنور السادات ، ولقد أبدى سيد قطب جرأة نادرة أمام ما يسمون بالقضاة ، فلقد خلع قميصه أمام المحكمة وقال بسخرية: انظروا يا قضاة العدالة!! ثم قال نحن نريد أن نسأل ، آينا أحق بالمحاكمة والسجن نحن أم انتم? إن لدينا وثائق أنكم عملاء للمخابرات الأمريكية ، وبدأ يسرد الوقائع والوثائق التي تصمهم بالخزي وتسمهم بالصلات المشبوهة بكافري -السفير الأمريكي آنذاك- مما اضطر جمال سالم أن يرفع الجلسة ويغلق المحاكمة.

وصدر الحكم عليه بالأشغال الشاقة المؤبدة ، ، وبعد فترة ولأسباب صحية خفف الحكم إلى خمسة عشر عاما .

وأودع سيد قطب ليمان طره (السجن الذي يضم المئات من شباب الإخوان) ، ولقد شهد بأم عينيه مذبحة الإخوان في ليمان طره عندما فتحت الحكومة الرشاشات على الإخوان حيث قتل من عنبر واحد ، واحد وعشرون من شباب الإخوان والتصقت لحومهم بالحائط ، ومن شاء الإستزادة فليقرأ كتاب (أقسمت أن أروي لروكس معكرون) .

كان سيد قطب مصابا بالتهاب في الشعب الهوائية ، فوضع في مصحة السجن (مستشفى صغير للسجن مع المصابين بالأمراض الصدرية كالسل من المجرمين المسجونيين ، واستأذن من إدارة السجن أن يضع حواجز من القماش بينه وبين المرضى فأذن له ، فوضع حواجز من القماش المقوى فأصبح كأنه في غرفة مستقلة ، وألحق به داخل الحواجز القماشية محمد يوسف هواش ، وكانت هذه جريمة لهواش استحق عليها الإعدام سنة(1966م) .

وبقي الأستاذ سيد صابرا محتسبا في سجنه يربي إخوانه من حوله بالصدق ويفيض عليهم من روحه المشرقة ، ويضمهم في حنايا قلبه الكبير ، وكان يرد على الذين يحاولونه المهادنة والإستسلام: (إن في صبرنا صبر للكثيرين) وهي نفس كلمة الإمام أحمد بن حنبل.