وفي التنافس التالي على رئاسة حزب الليكود في فبراير 1993، اختار شارون الا ينافس بنيامين نتنياهو ولم يذكر اسم شارون في قائمة وزراء نتنياهو في الكنيست الرابعة عشر، ولكن بعد حملة ضغوط كبيرة تم تعيينه وزيرًا للبنى التحتية، وعين وزيرًا للخارجية بعد إنسحاب دافيد ليفي من الحكومة.

وبعد تولي شارون منصب وزير الخارجية خرج برفقة نتنياهو الذي ترأس الوفد الإسرائيلي للمحادثات حول التسوية المرحلية مع الفلسطينيين في واي ريفر عام 1998.

وبعد فشل نتنياهو في انتخابات مايو عام 1999، لرئاسة الحكومة واستقالته من رئاسة الليكود، تم تعيين شارون رئيسًا للحزب وفي ايلول سبتمير 1999، انتخب شارون رئيسًا لليكود بعد أن تغلب على منافسيه ايهود اولمرت ومائير شطريت، حيث فاز بنسبة 53% من أصوات مركز حزب الليكود ، وكان شارون نائبًا عن الليكود ورئيسًا للمعارضة في الكنيست الخامسة عشرة.

وفي خطوة سافرة ألقت بعود الثقاب إلى برميل البارود المتفجر، قام شارون في الثامن والعشرين من سبتمبر عام 2000 بزيارة المنطقة الحرم القدسي الشريف، حيث أعلن قائلًا:"لكل يهودي الحق بزيارة جبل الهيكل".

وغداة هذه الزيارة المشئومة اشتعلت انتفاضة الأقصى، وحصد شارون ثمار زيارته للحرم القدسي الشريف، حيث انتخب في ديسمبر من العام 2000، مرشحًا عن الليكود لرئاسة الحكومة في إسرائيل، وفي 6 فبراير من العام 2001، انتخب رئيسا لوزراء إسرائيل بفوزه الكاسح على ايهود باراك رئيس الحكومة آنذاك ومرشح حزب العمل، إذ حصل شارون على 62.5% من الأصوات مقابل 37.1% لمنافسه، ومن بين أبرز الصفات التي أطلقت عليه في تلك المعركة الانتخابية، ما قال عنه أيهود باراك إذ وصفه بالذئب المتخفي بهيئة الجدة في حكاية ليلى والذئب.

وكان شارون قد طرح خطته السياسية أثناء حملته الانتخابية لعام 2001، والتي جاء فيها: