و تحوي المكتبة آلاف المخطوطات العربية و التركيّة و الفارسيّة التي جلبت إليها بطرق مشروعة - خلافًا لما هو عليه الحال في مكتبات و متاحف أوروبا الغربيّة - أو نسخت بأيدي أبناء البوسنة الذين شغفوا بالكتب ، و بذلوا وسعهم في نسخها ، و الاعتناء بها كما تقدّم .
و قد تعرّضت المكتبة و مخزونها النفيس إلى محن شتى ( من الدمار و الفيضانات و الحرائق و غيرها ) ، شأنها في ذلك شأن سائر المنشآت الإسلاميّة في البوسنة ، و من أشد ما لحق بها عمليّة السلب و التدمير التي وقعت أثناء عدوان أوغين سافويسكي النمساوي على سراييفو سنة 1109 هـ / 1697م ، التي نتج عنها فقدان عدد كبير من نفائس مخطوطاتها بما في ذلك مخطوطات أوقفها الغازي خسرو بيك نفسه رحمه الله (1) .
(1) ... انظر: محمد مؤذنوفيتش و محمود تراليتش: مكتبة الغازي خسرو بيك في سراييفو ، ص: 13 .