اعتماد الموارد المالية أساسًا على التبرعات والهبات، وعدم السعي لتكوين أوقاف تعتمد عليها المنظمة، في الإنفاق الدائم وغير المشروط على أنشطتها من قبل المانحين.

عدم توفر الخبرات الكافية في المجال المالي.

ضعف الرقابة المالية.

ضعف اتباع مبدأ الشفافية في التعاملات المالية.

مشكلات في برامج التسويق والترويج لأنشطة المنظمة:-

ضعف أساليب الاتصال بالمجتمع.

ضعف الترويج الإعلامي لأنشطة المنظمة.

عدم وضوح أهداف المنظمة لكثير من الجمهور الذي تتعامل معه.

الظهور الموسمي والركود بقية العام.

مشكلات في الأنظمة واللوائح وأساليب العمل:-

عدم تطور الأساليب واللوائح الداخلية.

عدم وجود أدلة مكتوب توضح إجراءات تنفيذ المشاريع.

مشكلات في الإستراتيجية والرؤية والرسالة:-

غموض قيم وأهداف المنظمة عن أعضاء مجلس الإدارة.

تبني أهداف قد تعجز المنظمة عن تحقيقها.

ضعف التخطيط لأنشطة وموارد المنظمة.

المشكلات الموضوعية التي تعيق المنظمات الخيرية عن ممارسة أنشطتها الخيرية:-

ضعف الإعلام الداعم لأعمال المنظمات الخيرية والترويج لها.

ضعف الدعم والتمويل الحكومي.

تغير الظروف المحيطة بمعدل أسرع من تعديل أهداف المنظمة.

ضعف دعم القطاع الخاص للعمل الخيري.

الشائعات المتعلقة بجمع التبرعات.

ضعف تأييد المجتمع للبرامج والخدمات التي تقدمها المنظمات الخيرية.

عدم سماح السلطات بالتفرغ للعمل الخيري.

ربط الممولين الخارجيين تمويلهم بأهدافهم، وليس بأهداف المنظمة وحاجة المجتمع.

ضعف ثقافة المجتمع بأهمية عمل المنظمات الخيرية.

عدم إدراك صانعي السياسات في الحكومات لدور المنظمة الخيرية في التنمية.

تعقيد الإجراءات في الجهات الحكومية التي تتعامل معها المنظمات الخيرية.

التضييق العالمي على عمل المنظمات الخيرية، بعد أحداث (11) سبتمبر، (2001م) .

الخلط بين العمل الخيري، ومسمى الإرهاب، وأثره في التضييق على العمل الخيري.