أفصحت الدراسة المكتبية، أن معظم المشكلات والتحديات، تتعلق بالبناء المؤسسي للمنظمات الخيرية، بالإضافة إلى بعض المعوقات الخارجية، ويمكن حصرها فيما يلي:-
المشكلات والتحديات المتعلقة بالبناء المؤسسي:-
مشكلات تتعلق بالبنية التنظيمية:-
ضعف البناء المؤسسي بشكل عام وسيطرة بعض الأفراد على الأنشطة والتمويل.
ضعف التوافق بين الهياكل الإدارية وأهداف المنظمة.
المقرات غير الملائمة لأنشطة المنظمة.
عدم وجود فروع للمنظمة في المناطق الريفية والنائية.
عدم وضوح المهام والصلاحيات الإدارية لأفراد المنظمة.
المركزية وضعف مبدأ التفويض.
مشكلات في القيادة والإدارة:-
ضعف أهلية أكثر مجالس إدارة المنظمات.
ضعف البرامج التدريبية لقيادات المنظمة.
التدخلات الخارجية في قرارات وأعمال المنظمة.
تسييس عمل بعض المنظمات الخيرية وانحرافها عن مسارها الحقيقي.
ضعف الرقابة والتقويم المستمر لأعمال المنظمة.
ضعف المعايير الرقابية المرتبطة برسالة وأهداف المنظمة.
ضعف البرامج المتخصصة والمتنوعة.
القصور في معلومات البحوث الفنية المتعلقة بأنشطة المنظمة.
ضعف الأرشفة والتوثيق والإحصاء وعدم توفر قاعدة البيانات.
ضعف التقنية وضعف استخدام الحاسب الآلي وبرامجه في أعمال المنظمة.
وجود المحاباة في صرف المساعدات للمحتاجين.
ضعف التنفيذ وكثرة الشكاوى ضد المنظمة.
انعدام التنسيق مع المنظمات الأخرى.
مشكلات في الموارد البشرية:-
عدم توفر الكادر المؤهل والمتخصص.
نقص الخبراء والفنيين.
قلة الدورات والبرامج التدريبية.
ضعف نظام الأجور والمكافئات.
عدم اعتماد المكافئات والترقيات على كفاءة الأداء.
قلة المتطوعين في العمل الخيري، وضعف الاهتمام بهذا القطاع.
مشكلات الموارد المالية:-
محدودية الموارد المالية.
عدم استثمار موارد المنظمة الفائض عن حاجتها التشغيلية.