وكذلك من الفرص المتاحة للطالب بعد التخرج من المدارس المتوسطة والثانوية لتحفيظ القرآن الكريم أن يقبل الطالب المتخرج من المرحلة المتوسطة، والحاصل على كفاءة تحفيظ القرآن الكريم في ثانوية تحفيظ القرآن الكريم، والثانوية العامة بأقسامها، والمعاهد والمراكز المهنية، والثانوية التجارية، والمدارس العسكرية (المستوى الثاني) ، وجميع المجالات الأخرى المفتوحة أمام المتخرج في الكفاءة المتوسطة.
أما الطالب المتخرج في المدارس الثانوية لتحفيظ القرآن الكريم فله الخيار في الالتحاق بالجامعات، ولاسيما أقسام القرآن الكريم والأقسام الأدبية وفي كليات المعلمين، وفي الوظائف العامة والكليات العسكرية.
الانتقال من وإلى مدارس تحفيظ القرآن الكريم والنقل إليها:
من حق طالب هذه المدارس سواء في المرحلة الابتدائية أو المتوسطة الانتقال إلى ما يماثل مستواه في مدارس التعليم العام في أي صف كان، كما أن من حق طالب التعليم العام الانتقال إلى مدارس تحفيظ القرآن الكريم الابتدائية والمتوسطة حسب مستواه، بعد نجاحه في حفظ المقرر من القرآن الكريم.
الفروق بين مدارس تحفيظ القرآن الكريم ومدارس التعليم العام:
يتخرج الطالب في مدارس تحفيظ القرآن الكريم وقد حفظ كتاب الله الكريم كاملًا وراجعه ودرس تجويده وقراءته، وتاريخ تدوينه وترقيمه وتشكيله وتفسيره وجملة من أحكامه، دون أن يقل مستواه التعليمي في المواد الأخرى ونشاطه الصفي وغير الصفي عن زميله في المدارس العامة.