1 -اتهامهم مريم الطاهرة بالزنا.
2 -تخطيطهم لقتل عيسى عليه الصلاة والسلام.
3 -التفاخر بقتل عيسى عليه الصلاة والسلام حسب ادعائهم، ولكن كما قال ربنا سبحانه:""
وَمَا قَتَلُوهُ وَمَا صَلَبُوهُ وَلَكِن شُبِّهَ لَهُمْ"."
فقد قتلوا المشبه وظنوا أنهم قتلوا عيسى عليه الصلاة والسلام.
وقد روى لنا حبر الأمة ابن عباس رضي الله عنهما أحداث تلك الليلة العظيمة في حديث ذكره ابن كثير في تفسيره (2/ 250) ، وقال: وهذا إسناد صحيح إلى ابن عباس.
عن ابن عباس قال: لما أراد الله أن يرفع عيسى إلى السماء، خرج على أصحابه، وفي البيت اثنا عشر رجلا من الحواريين: فخرج عليهم من عين في البيت، ورأسه يقطر ماء.
فقال: إن منكم من يكفر بي اثنتي عشرة مرة، بعد أن آمن بي.
ثم قال: أيكم يُلْقَى عليه شبهي، فيقتل مكاني ويكون معي في درجتي؟
فقام شاب من أحدثهم سنا، فقال له: اجلس.
ثم أعاد عليهم فقام ذلك الشاب، فقال: اجلس.
ثم أعاد عليهم، فقام الشاب فقال: أنا.
فقال: أنت هو ذاك!
فألقي عليه شَبَه عيسى ورفع عيسى من رَوْزَنَة في البيت إلى السماء.
قال: وجاء الطلب من اليهود فأخذوا الشبه فقتلوه، ثم صلبوه وكفر به بعضهم اثنتي عشرة مرة، بعد أن آمن به.
وافترقوا ثلاث فرق:
فقالت طائفة: كان الله فينا ما شاء ثم صعد إلى السماء. وهؤلاء اليعقوبية.