الصراع بين المؤسسات ـ رسمية وغير رسمية - والحكومات المتعاقبة منذ محمد علي إلى وقتنا الحاضر كان في صالح الأنظمة الحاكمة وذلك للأسباب التالية على سبيل المثال لا الحصر:
الأول: عدم استقلال الأزهر ماليًا وعلميًا وحل الأوقاف الأهلية، مما أضعف دوره السياسي وربطه بالدولة.
الثاني: عدم استقلالية الأزهر علميًا وتدخل الدولة في تعيين شيخ الأزهر، وحمل بعض مشايخ الأزهر لشهادات دكتوراة من دول غربية .. وكان لهذا أثر سلبي في شخصية عالم الدين وطريقة تفكيره الشرعية.
الثالث: انتشار مذهب الإرجاء وشيوع التصوف في العالم العربي والإسلامي.
الرابع: وجود طابور خامس من العلماء يعملون لحساب الحاكم مع بث الفرقة واثارة الشحناء بينهم.
الخامس: تركيز وسائل الإعلام الحكومية على رسم صورة نمطية ساخرة لعالم الدين، مما أدى لإهتزاز صورة العلماء في قلوب وعقول الأجيال المتعاقبة.
السادس: الضغط الدولي والمؤامرات الدولية بغية اضعف روح التدين لدى الشعوب المسلمة عبر برامج منظمة ينفذها عملاؤهم في المنطقة الإسلامية.