2-روح التمدن وهويت الإسلام (روح الحضارة وجوهر الإسلام) . نشره عام 1296هـ (1878م) وسعى فيه إلى البرهنة على أن الديمقراطية الإسلامية أتم وأكمل وأفضل بكثير من النظام الديمقراطي الغربي. وقال في إشارةٍ إلى الصراع بين الاستبدادية والدستورية (أي تقييد السلطات الملكية بالدستور) أن تلك النهضة الوطنية انتهت للأسف بإطلاق النار على جسد الإسلام المقدس، وقد طرح في كتابه هذا نوعًا من التفكير السياسي العصري الإسلامي أثبت من خلاله وجود الديمقراطية في الإسلام وتاريخ الفترة الإسلامية الأولى (عهد الخلفاء الراشدين) . وكان رأيه أن المشروطة أي الحركة الدستورية لم تنجح في إيران وأن الحكم في إيران هو «ملكي دستوري بالاسم فقط أما عمليًا فهو لا يزال حكمًا استبداديًا اجتماعيًا ولا يزال الهرج والمرج هما السائدان» . وكان «خرقاني» يأمل أن يتم تطبيق الحكم والنظام الإسلامي في إيران يومًا ما وكان يقول: «أبشركم أن النظام الإسلامي والسياسة الإسلامية سيتم تطبيقهما في النهاية في إيران» وقال في موضع آخر من رسالته في لحنٍ يحمل التهديد ضد الحكم القائم: إذا تم فصل الإسلام عن الحكومة والدولة فسيتم إراقة دماء ساخنة في ساحة الجهاد الديني مما سيحث فدائيي الإسلام على النهوض. ونلاحظ في هذه العبارة أول طرح لعبارة فدائيي الإسلام وقد نشأت فعلًا جماعةٌ فيما بعد تحمل الاسم ذاته يتزعمها السيد نواب صفوي كما هو معروف.

3-قضا وشهادات ومحاكمات حقوقي ابدي اسلامي (القضاء والشهادات والمحاكمات القانونية الإسلامية الأبدية) . في هذه الرسالة انتقد خرقاني بشدة تغيير الأحكام الإسلامية في قوانين القضاء ودعا إلى تدوين نظامٍ قانوني جديد مبتنٍ على أحكام الفقه الإسلامي والشريعة الإسلامية.

4-برهان ساطع (البرهان الساطع) .

5-أصول عقايد (أصول العقائد) .

6-تنقيد نظرية دارونيستها (نقد نظرية الداروينيين، أي نقد نظرية التطور عند داروين) .