وبعد ذلك تولى الشيخ أمين الدنف الأنصاري ادارة المكتبة، تاركًا بصماته عليها، خاصة نشاطه المتميز بنسخ المخطوطات بخطه الجميل، فنقل بذلك عددا ليس باليسير من المخطوطات، وبخطه، وضمّها الى مجموعة الخالدية، وبوفاته لم تعد عوائد الوقف قادرة على كفاية المكتبة، وبالرغم من ذلك حاول ابنه من بعده التصدي لهذه المهمة، الا أن حرب حزيران 1967 قد قضت على الأمل المتبقي لإعادة إحياء المكتبة 0

تعرضّ مبنى المكتبة ومحتوياتها للمحنة التي واجهها الشعب الفلسطيني عام 1967، فقد هدمت حارة المغاربة الملاصقة للمكتبة من الناحية الجنوبية، كما تمت مصادرة جزء من سطح مبنى المكتبة، ليبني عليه الرابي"غورين"رابي الجيش الاسرائيلي عام 1967 شقة له 0 ولولا استبسال الاستاذ حيدر الخالدي ـ متولي وقف عائلة الخالدي في حينه ـ لما كتب لهذه المكتبة ومبناها التاريخي البقاء، ولما استطعنا استقراء جزء مهم من التاريخ الثقافي الاسلامي لبيت المقدس، كما تعكسه مجموعة الخالدية 0 فنحن مدينون للشجاعة الفائقة التي تحلّى بها هذا الرجل في ظل ظروف عصيبة عز فيها الرجال، مدافعا عن تراث عائلته، مسهما في تخليد الثقافة العربية الإسلامية في بيت المقدس 0 رحم الله الاستاذ حيدر الخالدي الذي شكّل حلقة من سلسلة طويلة لهذه العائلة في بيت المقدس 0

مبنى المكتبة الخالدية