الشمال الغربي للبلاد، تم القضاء عليها وإعدام ما يقرب الثلاثمائة من الثوار بعد توقيع لينكولن على قرار الإعدام.

في الرابع عشر من ابريل عام 1865، بعد أيام من استسلام الجنوب حضر لينكولن مع زوجته مسرحية في ماريلاند يمثل فيها مجموعة من المتعاطفين مع قضية الانفصال، فقام أحدهم، جون ويلکس بوث بإخراج مسدسه وإطلاق النار في رأس لينكولن فأرداه قتيلا

وخلف لينگولن في الرئاسة نائبه أندرو جونسون وعلى الرغم من نظرة جونسون المحافظة والمتفقة مع لينكولن حول كيفية التعامل مع الولايات المهزومة، إلا أن المتشددين من الجمهوريين، بسيطرتهم على الكونجرس حادوا فيما بعد عن سياسة لينكون وكانوا أقل تسامحا مع المشتركين في الثورة الجنوبية.

لقد كان الرئيس إبراهام لينكولن أول رئيس أمريکي يغتال، وربما تكون أشهر حادثة اغتيال في تاريخ الولايات المتحدة، وبسبب مسائل كانت مثيرة للجدل حينذاك يسال العديدون إذا ما كان هنالك نوع من المؤامرة وراء الاغتيال، فقد نظر إلى الرئيس لينكولن، الذي كان قائدا للاتحاد خلال الحرب الأهلية ومعلنا حرية العبيد داخل الكونفيدرالية على أنه هدف شرعي في تلك الحرب الأهلية

چون ويلكس بوث، العنصري والمتعاطف مع ولايات الجنوب خلال الحرب الأهلية قد انضم إلى جماعة مختلطة من المتأمرين تضم صامويل أنولد، وجون سوارت، ومايكل أولوغين، ولويس باول، وجورج الزبرودت وديفيد هيرولد.

وخططت الجماعة ما بقيادة يوث ونفذت اغتيال الرئيس إبراهام لينكولن