17ـ في عام 1989 قام مسلحون بالقاء قنابل على مراكز الشرطة في القاهرة والجيزة و مديرية امن القاهرة و مكتب امن الدولة في شبرا وقسم الساحل بالجيزة وذلك انتقامًا من الذين با شروا التعذيب على اعضاء قضية (تنظيم الجهاد) عام 1981

18 -- في عام 1989قام الجناج العسكري للجماعة باتفجير سيارة ملغومة اثناء مرور موكب وزير الداخلية زكي بدر الاان العبوة لم تنفجر لحدوث عطل فني واعتقل المنفذ الدكتور جمال رواش بعد ان اشتعلت فيه النار بدلا من استشهاده.

19 -في عام 1990قام الجناح العسكري بإغتيال رئيس مجلس الشعب المصري رفعت المحجوب.

20ـ في ديسمبر 1992 تم الكشف عن الاعداد لعملية اغتيال للرئيس المصري و اثناء الاعداد للعملية ثم القبض على المسؤل في المجموعة المكلفة بالعمل و حكم بالاعدام على ستة من قيادات الجماعة في الخارج و نفذ الحكم في السادس وهو الاخ الشهيد شريف احمد حسن و سميت القضية (بالعائدون من افغانستان) .

21 -في نفس العام قامت الجماعة بعمليات اغتيال لكبار رجال الشرطة في محافظة اسيوط فقتلت احدي المجموعات اللواء محمد الشيمي و العقيد محمد نجيب

22 -في 1 /اكتوبر من العام ذاته قامت الجماعة (الجناح العسكري للجماعة الاسلامية) باول عملية ضد السياحة في محافظة قنا.

23 -في 9 ابريل عام.1994 قتل اللواء رؤوف خيرت: «كان رؤوف خيرت من اخطر ضباط مباحث أمن الدولة المحاربين للاصوليين، وكان يتخذ عددا من الاحتياطات الامنية الشديدة منها تغيير مسكنه كل عدة اشهر، وعدم وضع اي حراسة على منزله، وقيادته لسيارته بنفسه في محاولة للظهور بمظهر الشخص العادي الذي لا صلة له بالسلطة، ولكن اخوة الجماعة الاسلامية استطاعوا التوصل