وكان أول شيخ للأزهر يقوم بتنظيمات مالية وإدارية وأعاد للأزهر كل الأوقاف والمخصصات التي سلبت منه وكان موفقا في انفاق الأموال على مستحقيها وصمم على ألا يقوم بالتدريس في الأزهر إلا من تجيزه لجنة من العلماء فكان أول من سن (قانون تنظيم الامتحان) وجعل الامتحان في أحد عشر علما من علوم الدين واللغة وهي الأساس الآن للدراسة في الأزهر، وكان يحرص ان يشهد بنفسه الامتحان ويناقش الممتحن مما حفز الطلاب على استيعاب هذه العلوم فتخرج جيل عالم. ولما قامت (الثورة العرابية) لم يتجاوب معها فطلب (عرابي) من الخديوي عزله فأجابه لطلبه سنة 1299 ه‍ وتولى (الشيخ الأنبابي) مكانه.

وظل الشيخ المهدي على الافتاء فطلب منه قادة الثورة فتوى بعزل الخديوي فرفض لأنه رأى ان الذي يملك عزل الخديوي هو الخليفة العثماني فوضعه العرابيون تحت المراقبة ولما فشلت الثورة العرابية اعاده الخديوي الى المشيخة بجانب الافتاء حتى سنة 1304 ه‍ عند ما علم الخديوي ان الشيخ يستقبل في بيته بعض من يتكلمون في السياسة ويظهرون سخطهم على الاحتلال البريطاني.

والتقى الشيخ بالخديوي فقابله مقابلة جافة فطلب اعفاءه من المنصب فقال الخديوي: (و من الافتاء ايضا) فقبل ذلك. ويقال ان الخديوي حنق عليه لعدة فتاوي اضرت بمركز الخديوي وظل ملازما بيته حتى مات سنة 1315 ه‍.

ومن مؤلفاته:

1 -الفتاوي المهدية في الوقائع المصرية.

2 -رسالة في مسألة الحرام (على مذهب الحنفية) .