تحتفظ مكتبة مكة المكرمة بمجموعة من الفهارس الدفترية المستقلة والخاصة بالمكتبات الخاصة المهداة إليها، وتحمل هذه الفهارس أسماء أصحاب تلك المكتبات الخاصة، كما يوجد بالمكتبة ثلاثة فهارس أخرى: الأول خاص بالكتب الواردة من الوزارة، والثاني خاص بالكتب المهداة من الأشخاص والهيئات والمؤسسات، والثالث خاص بالمخطوطات الموجودة بالمكتبة وهي جملة من نوادر المخطوطات التي لم يرد لها ذكر في فهارس المخطوطات الإسلامية أو العالمية، وقد غطت وشملت كافة حقول المعرفة الإسلامية النظرية والتطبيقية والرياضية بنسب مختلفة.

ويجري الآن تحديث وإعادة تنظيم فهارس المكتبة، حيث رتبت ترتيبًا موضوعيًا، فجمعت الكتب التي تتناول موضوعًا واحدًا في فهرس واحد (بصرف النظر عن موقع تلك الكتب بين المكتبات الخاصة) ، ويبلغ عدد الفهارس 13 فهرسًا، استخلصت من الفهارس السابقة للمكتبة ثم دونت سجلات قيد الكتب الواردة للمكتبة كما هو الحال في باقي فهارس المكتبة، وكانت فهارس المكتبة تشمل على بيانات وصف متفاوتة وقد تختلف في بعض الفهارس عن بعض، ولا توجد معالم واضحة لنوعية فهارس المكتبة، ولكنها أقرب ما تكون إلى نوع (فهرس العنوان) وذلك أن أول ما يدون من معلومات عن الكتب هي عناوينها ثم يلي ذلك باقي البيانات الأخرى الخاصة بها.

تحتفظ المكتبة ضمن فهارسها القديمة بفهرس أو سجل خاص بالمخطوطات، وهو فهرس قديم كتب بخط اليد، وجاء على شكل دفتر سجل قيد الكتب الواردة للمكتبة، ويبلغ حجمه (40 سم طولًا × 30 سم عرضًا) ، ويبلغ عدد صفحاته سبعين صفحة، أما عناصر الوصف المستخدمة فيه فهي: (الرقم الخاص - عنوان الكتاب - اسم المؤلف - عدد لأجزاء - المجلدات - عدد الصفحات - تاريخ النسخ - الجلد