وتحت كل قسم من الأقسام الثلاثة عدد كبير من الجزئيات ، وأُعطي لكل قسم رقمًا خاصًا به ، وكذلك الجزئيات في كل قسم أعطيت أرقامًا خاصة بها .

وبدئي العمل بوضع تلك الأرقام على المعلومات الخاصة بها في الكتب المدخلة في الحاسب الآلي وذلك بوضع رقمين أمام كل جزئية:

الأول رقم القسم التي تندرج تلك الجزئية تحته .

الثاني رقم الجزئية في ذلك القسم .

وفائدة ذلك: هو جمع الجزئيات ذات الموضوع الواحد من جميع كتب الموسوعة -بعد اكتمالها - بواسطة الرقم الخاص بها .

وقد تم ترقيم عدد من الكتب منها:

السيرة النبوية لابن هشام ، والسيرة النبوية لابن كثير، والإصابة في تمييز الصحابة للحافظ ابن حجر.

وقد بلغ عدد الجزئيات التي تم ترقيمها أكثرمن (100.000) مائة ألف جزئية .

وهو عمل شاق وطويل ، ويحتاج إلى فريق من الباحثين لإتمامه .

واكب العمل المتقدم عمل آخر حيث وضعت خطة تفصيلية آخرى مرتبة على الموضوعات ، جرى العمل على وفقها دون استخدام الحاسب الآلي ، جُمعت معلومات لبعض موضوعاتها على بطاقات ، ومن تلك الموضوعات:

ما جاء من البشارات بالنبي - صلى الله عليه وسلم - في الديانات السابقة ، ومنها: الديانات في شبه القارة الهندية ، تولى الكتابة فيها فضيلة الشيخ/ صفي الرحمن المباركفوري - الباحث في المركز سابقًا- كتب فيها أكثر من (200) مائتي صفحة مكتوبة على الآلة الكاتبة .

ومن الموضوعات التي جمعت فيها بطاقات:

البشارات في الديانات: اليهودية والنصرانية، والإرهاصات ، وأمهات المؤمنين ، وهدى النبي - صلى الله عليه وسلم - وشمائله .

موسوعة الحرمين الشريفين:

انبثقت فكرة هذه الموسوعة من موسوعة السيرة النبوية ، حيث رأى القائمون عليها التلازم الكبير بين السيرة النبوية والحرمين الشريفين: مكة ، والمدينة ، فرأوا أن إنشاء هذه الموسوعة يخدم موسوعة السيرة النبوية ، فجمعت معلومات كثيرة عن الحرمين الشريفين في بطاقات .