واعتقل سيد قطب في (26/آب/1965م) وأودع السجن الحربي بعد أن انتقل من سجن إلى سجن وانتهى به المقام في الحربي ، وفي أوائل اعتقاله ألقي في زنزانة مظلمة بين أربعة كلاب بوليسية وظيفتها إرهاب السجناء بالإضافة إلى انتهاش لحومهم ، وتقطيعها فور تلقيها أية إشارة من الكلاب البشرية.

وأسندت تهمة الخيانة العظمى له بترأس تنظيم إرهابي يدعو إلى قلب نظام الحكم بالقوة ، وهذه حقيقة وكلمة حق أريد بها باطل ، فصاحب الحق يدعو لانتصار دينه وتطبيق الإسلام في كل مجالات الحياة ، ولا يهادن ولا يداهن ولايتنازل عن هذا الحق الذي يطالب به.

نعم لقد عهد إليه فضيلة المرشد بقيادة تنظيم سنة (1962م) وأطاع الأمر إذ أنه يعرف معنى الطاعة في الإسلام ، وأن طاعة الأمير فريضة في الأعناق ، ومعصيته إثم يستحق صاحبه العقاب ، فقبل وأشرف على تربية أفراده بكتاباته وهو في داخل السجن ، ثم أشرف بنفسه ووهب التنظيم حياته ، وروحه ، ووقته ، وفكره ، هذا التنظيم الذي يشير إليه في مقدمة المعالم بأنه طليعة البعث الإسلامي ، وهو يعتقد تماما أن صلاح البشرية وسعادتها وراحتها متوقفة على نجاح الحركة الإسلامية كما يقول في مقدمة الظلال ص (15) -دار الشروق: (وانتهيت من فترة الحياة في ظلال القرآن إلى يقين جازم حازم... أنه لا صلاح لهذه الأرض ، ولا راحة لهذه البشرية ، ولا طمأنينة لهذا الإنسان ولا رفعة ، ولا بركة ، ولا طهارة ، ولا تناسق مع سنن الكون وفطرة الحياة إلا بالرجوع إلى الله ، والرجوع إلى الله -كما يتجلى في ظلال القرآن- له صورة واحدة ، وطريق واحد... واحد لا سواه... إنه العودة بالحياة كلها إلى هذا الكتاب) .

لقد كان وهو يستجيب لأمر المرشد بالإشراف على التنظيم ممن قال الله فيهم:

(الذين استجابوا لله وللرسول من بعد ما أصابهم القرح ، للذين أحسنوا منهم واتقوا أجر عظيم)

(آل عمران: 271)