وأعلن محسن عبد الحميد من مقر مؤتمر المصالحة الوطنية العراقية في القاهرة بمشاركة حارث الضاري رئيس هيئة علماء المسلمين وقيادات الشيعة في العراق؛ أنه «سيؤدب الزرقاوي ميدانيًا» ورفع شعار «نبرأ إلى الله من دم العراقيين» في إشارة إلى مليشيات بدر وقيادات الشيعة الذين كانت القاعدة تستهدفهم في إطار سياسة قتالية تقوم على أساس: «قتال الإحتلال وكل من يتعاون معه أيا كان نسبه وانتماءه، وتحييد من يريد الحياد ولا يشترك في القتال»

من خطاب للشيخ أسامة بن لادن - يوليو2006.

في ابريل من العام 2006 ظهر الأمير أبو مصعب الزرقاوي في شريط متلفز لأول مرة يقول فيه «ثلاثة أشهر من الآن إن شاء الله تكون الأجواء مهيأة لإعلان إمارة إسلامية في العراق» واستشهد أبو مصعب الزرقاوي في غارة جوية أمريكية في يونيو نفس العام قبل إعلان الإمارة الفعلي بأربعة أشهر.

في تشرين الأول (أكتوبر) 2006 وبعد عامين من فتح فرع تنظيم القاعدة في العراق أعلن مجلس شورى المجاهدين وعدد من عشائر السنة التي تحالفت معه: قيام دولة العراق الإسلامية، وتمّت «مبايعة أميرها أبو عمر البغدادي أميرًا للمؤمنين في مساجد وأحياء بغداد، وباقي المقاطعات السنية كلها، وأجزء من الجنوب في بابل و واسط» . من خطاب للرجل الثاني في القاعدة أيمن الظواهري- تموز (يوليو) 2007.

وكشف الدكتور الظواهري والشيخ أسامة بن لادن أن إعلان الدولة تأخر شهرين بسبب أنّ أعضاء «مجلس شورى المجاهدين قد بذلوا ما في وسعهم لاستيعاب كل الطاقات المجاهدة في العراق، وأخروا إعلان الدولة لعدة أشهرٍ، ليتصلوا بكل القيادات المجاهدة في داخل العراق» .