قد تعاون المركز مع عدد من المؤسسات الأمريكية الدينية والسياسية فإحدى الندوات عقدت بالتعاون مع تجمع القساوسة الكاثوليك، بينما تعاون المركز في أكثر من ندوة ومحاضرة مع وكالة إعلام الولايات المتحدة الأمريكية وهذه هيئة حكومية تتبع وزارة الخارجية الأمريكية. فإن قيل إن الدراسات العربية الإسلامية ليست مرتبطة بالحكومات أو إن المستشرقين لا يعملون لصالح الحكومات فكيف تقوم جهة حكومية بتنظيم ندوة حول"الإسلام السياسي"أو حول موقف الغربيين من الإسلام وموقف المسلمين من الغرب التي عقدت بالاشتراك مع الجامعة الإسلامية العالمية بإسلام أباد بباكستان، فكيف تتعاون هذه المؤسسة الحكومية مع مركز مستقل يعمل لدعم التفاهم الإسلامي النصراني؟
ولنا أن نتساءل لماذا لم يتعاون المركز مع إحدى الجمعيات أو المؤسسات الإسلامية في واشنطن وهي كثيرة من أبرزها ( معهد العلوم الإسلامية والعربية ) التابع لجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية،وقد وقع مدير جامعة الإمام قبل أكثر من سنتين اتفاقًا للتعاون بين جامعة جورجتاون وجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية، كما أن واشنطن تستضيف مؤسسة الدراسات الفلسطينية والجمعية العربية للدراسات الدولية وغيرها؟