أما المرحلة الثانوية فقد تأسست عام 1398هـ باسم ثانوية الإمام عاصم بن أبي النجود هذا. وقد بلغ عدد مدارس التحفيظ بمراحلها الثلاث بالمدينة المنورة على النحو التالي:

المرحلة الابتدائية ... 8

المرحلة المتوسطة ... 5

المرحلة الثانوية ... 1

أما المناهج التي تدرس في مدارس تحفيظ القرآن الكريم فهي نفس المناهج التي تدرس في مدارس التعليم العام حيث يدرس طلاب هذه المدارس جميع هذه المناهج، ويزيدون عليها بالمواد التالية: القرآن بكامله والتجويد والقراءات وعلوم القرآن وأصول الفقه وعلوم الحديث فلها مناهج خاصة بها وسيأتي تفصيلها في البحث إن شاء الله

مدارس تحفيظ القرآن الكريم في الرياض:

تأسست أول مدرسة لتحفيظ القرآن الكريم في مسجد الجفرة بالرياض شرقي المقيبرة عام 1347ه‍ (1927م) وأخذت الطابع الرسمي عام 1376ه‍ (1956م) وقام بالتدريس فيها المدرس (المطوع) عبد الله الحقباني بإشراف أحمد بن فارس وتولى التدريس بها على بن عبد الله آل شاكر. وفي عام 1364ه‍ (1944م) تولى التدريس فيها محمد بن سنان، وقد كان الإشراف عليها للشيخ محمد بن إبراهيم مفتي المملكة (رحمه الله) بعد وفاة ابن فارس (رحمه الله) وفي عام 1376ه‍ (1956م) أنيط الإشراف عليها إداريًا وماليًا إلى دار الإفتاء، وفي عام 1378ه‍ (1958م) أوكل الإشراف عليها إداريًا وماليًا وفنيًا لوزارة المعارف فأصبحت نظامية وقد كنت مدرسًا فيها عام 1388 هـ