مات الحسين رضى الله عنه مقتولا وليس منتحرا، فقتله الشمر ابن ذى الجوشن، وقيل قتله سنان بن أنس النخعى، وأرسل عمر بن سعد رأسه إلى عبيد الله بن زياد، وقيل إنه غضب لقتله فقتل حامل رأسه ليلحقه به، وكان قتله يوم الجمعة عاشر المحرم سنة إحدى وستين من الهجرة، دفن بأرض كربلاء بالعراق ومشهده معروف هناك. واختلف فى رأسه، فذهبت طائفة إلى أن يزيد بن معاوية أمر بأن يطاف به فى البلاد حتى انتهى إلى عسقلان بالشام ودفن بها، فلما غلب الفرنجة على عسقلان افتداه منهم الصالح طلائع بن زريك وزير الفاطميين، وذلك فى مقابل مال جزيل، ووضعه فى كيس من حرير وبنى عليه المشهد الحسينى المعروف بالقاهرة. وقيل: دفن بالبقيع عند أمه وأخيه الحسن، وذهبت الإمامية إلى أنه أعيد إلى الجثة ودفن بكربلاء، ثم ظهر الرأس بعد ذلك بالمشهد الحسينى القاهرى. وفى خطط المقريزى أن الرأس استقرت فى مشهده سنة تسع وأربعين وخمسمائة. [نور البصائر والأبصار للشبلنجى ص 33-135، رسالة الصبان على الهامش ص 196، كتاب مساجد مصر وأولياءوها للدكتورة سعاد ماهر-ج 1 ص 362]