• تقوم بعض الفروع بتحويل فائض الأموال التى لديها إلى البنك التقليدى التى تتبعه والذى يتعامل بالفائدة أخذًا وعطاءً والذى بدوره يقوم بإعطاء الفرع عائدًا يناظر سعر الفائدة السائد، وفى هذا شبهة الربا.
• تقوم بعض الفروع فقط بعمليات تجميع الودائع وتحويلها إلى البنك التقليدى الأم والذى يقوم بتوظيفها وفقًا لنظام الفائدة، والذى بدوره يقوم بإعطاء الفرع عائدًا يناظر سعر الفائدة السائد وفى هذا شبهة الربا.
• لا توجد هيئة رقابية شرعية في معظم الفروع ولكن يوجد ما يسمى بالمستشار الشرعى والذى يتم اللجوء إليه عند الاستفسار عن أى مسألة، وهذا لا يعطى طمأنينة إلى صحة معاملات الفرع من الناحية الشرعية.
• لا توجد حسابات أو قوائم مالية مستقلة للفروع الإسلامية بل تدمج مع البنك التقليدى، وهذا لا يعطى للقارئ الشفافية والإفصاح الأمين عن معاملات تلك الفروع.
• نقص العنصر البشرى المؤمن برسالته المصرفية الإسلامية وربما معظمهم قد نقلوا من الفروع التقليدية بسبب الترقية أو لأسباب أخرى.
• لقد تم إنشاء تلك الفروع من قبل البنك التقليدى لاستغلال عاطفة الناس نحو الإسلام وليس بقصد تطبيق شرع الله - عز وجل - ولذلك لا يهتم البنك التقليدى الأم بأن يطبق الفرع المصرفية الإسلامية أم لا يطبقها.
وتأسيسًا على المخالفات السابقة لا يمكن الجزم بأن معاملات تلك الفروع حلالًا تمامًا بل اختلط فيها الحلال بالحرام، ويتوقف تحديد نسبة الحرام على مدى الالتزام بأحكام ومبادئ الشريعة الإسلامية، فكلما زادت نسبة الالتزام زادت نسبة الحلال والعكس بالعكس، ويتولى القيام بذلك أهل الخبرة والاختصاص.
ولقد اختلفت آراء الفقهاء بشرعية التعامل معها على النحو التالى:
-الفريق الأول: تجنب التعامل معها لعدم وجود مقومات الإطمئنان إلى التزامها بأحكام ومبادئ الشريعة الإسلامية.
-الفريق الثانى: التعامل معها عند الضرورة ومنها حالة عدم وجود مصارف إسلامية متخصصة، ففى هذه الحالة يجب تطهير الأرباح المستلمة من الحرام عن طريق التحرى والدراسة والاجتهاد في معرفة نسبة المعاملات الحرام إلى الحلال، فلو فُرض أن نسبة الحرام 25%، ونسبة الحلال 75%، ففى هذه الحالة يتم التخلص بنسبة 25% من العائد المُحصَّل في وجوه الخير.