وفي أثناء الحرب العالمية الثانية سيطر النازيون على البوسنة وكانت متحالفة مع الاستشاشا الكروات والحكومة الكرواتية الأستاشية دامت أربع سنوات وهي لا شئ بالنظر لعمر المشيخة، وفي فترة السنوات الأربع (1941 / 1944) لم يكن هناك رئيس للعلماء في البوسنة و الهرسك وهي الحقبة الوحيدة التي لم يكن فيها رئيسا للعلماء، لأن المشيخة في البوسنة فهمت المخططات التي كانت تستهدف المسلمين، وكان هناك نائب لرئيس العلماء الذي لم يكن له صلاحيات رئيس العلماء، وذلك حتى لا يتورط في علاقة دنسة مع الحكومة الكرواتية النازية المتحالفة مع أدولف هتلر التي كانت تطلب من المسلمين تأييدها. لذلك سحبوا منصب رئيس العلماء وتركوه شاغرا حتى لا تحصل كرواتيا على مطالبها لأن نائب الرئيس ليس من حقه أن يقوم مقام رئيس العلماء، و يورط نفسه في جرائم قام بها الاستشا وهتلر ضد قوميات عدة، وكانت تلك إحدى الفتاوى التي أصدرتها المشيخة.