ولم يكن تحقيق هذه الخطوة بالأمر السهل فقد تطلب قراءة كثيرة لمختلف الأطروحات أو ما يسمى تضخيمًا بالمشاريع العلمانية ، واحتاج ذلك إلى وقت طويل ، وصبر جميل لفهم هذه الأطروحات وخصوصًا أنها في كثير من الأحيان تسعى إلى التقعر في الكلام والتمعك في المصطلحات ، والإغراب في التراكيب والعبارات بقصد الإبهار والتلاعب بالعقول والأفكار .
ولم يكن الهم الأساسي في هذا البحث هو السجال في الفروع والتطبيقات ، أو الجدال في الأشكال والهامشيات وإنما كان الهم الأساسي هو في البحث عن الجذور الغائرة والأسس الكامنة والأرضية الناظمة التي تشكل المنابع والروافد والقواعد التي يبني عليها الخطاب العلماني رؤاه وأطروحاته عندما يتعامل مع القرآن الكريم أو مع الإسلام عمومًا .
وتطلّب هذا البحث استخدام مناهج متنوعة ومتكاملة لعلها تفي بالغرض وتحقق الهدف فكان المنهج الوصفي لا بد منه في إطار العرض والتنظير ، وأحيانًا يمزج الباحث بين المنهجين الوصفي والتحليلي ، وأحيانًا تتجاور المناهج المختلفة في الدراسة فيكون الوصف ثم التحليل ثم المقارنة ، ويأتي النقد على شكل تعقيبات أو خلاصات في نهاية المباحث .