وفي خضم هذا الصراع بين التيارات المختلفة وبين الواقع والفكر .. كان بعض الملوك الصفويين والقاجاريين يستميلون الفقهاء · نواب الأمام المهدي ويأخذون منهم إجازات للحكم باسمهم ، وقد اصبح بعض العلماء كالعلامة المجلسي (صاحب موسوعة بحار الأنوار) وزيرا لبعض الملوك .
ومع ذلك فان نظرية (إجازة الملوك ) أو التحالف بين الفقهاء والملوك لم تمنح نظام الحكم الشرعية الكاملة ، حيث ظل الفقهاء يعتبرون الملوك غاصبين لحق الإمامة الخاص بالأئمة المعصومين المعينين من قبل الله تعالى ، وظل عامة الفقهاء حتى الذين تعاونوا مع الدولة متأثرين بنظرية: ( التقية و الانتظار) في عدة جوانب . وهذا ما أدى لاحقًا آلي تطورات مختلفة لدى الفقهاء والملوك من اجل تطوير الفكر السياسي وحل · عقدة الشرعية المزمنة في الفكر السياسي الشيعي في ظل: (الغيبة) .