أول بدء نشوء جذور الفتنة هو بخروج عبد الله بن سبإ يهودي من صنعاء، أظهر الإسلام ثم رحل إلى الكوفة والبصرة والشام يحاول أن يؤثر في الناس؛ لكن لم يلق تجاوبا حتى رحل إلى مصر وبدأ يشكك في عقيدة الناس، ويزعم عودة النبي صلى الله عليه وسلم، وأنه أحق بالعودة من عيسى صلى الله عليه وسلم، ثم بدأ بالدعوة لعلي بن أبي طالب، فزعم أن له الوصاية، ثم بدأ بالطعن في خلافة عثمان، ثم انضم إلى القافلة بعض الذين تكلموا في سعيد بن العاص أمير الكوفة، فرحلوا للجزيرة، وكان عبد الله بن سبإ يراسل كل من استطاع أن يؤثر عليه في الأمصار، وكان عثمان قد استشار أمراءه في هؤلاء المنحرفين، فاستقر رأي عثمان على تركهم، حتى جاء وفد مصر معتمرا وفي نيتهم مناقشة عثمان وخلق البلبلة في المدينة، وقد كان ذلك أول حدوث فتنة قتل عثمان بالشكل الواضح.